Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,466,035 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,466,035 | 0 | A | T | 100.0% | 518.6 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (103/117); total (103/117) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,466,036 | 0 | G | C | 99.6% | 513.8 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (102/117); minor base A (1/0); total (103/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,466,037 | 0 | C | G | 99.6% | 510.6 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (102/117); total (103/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TGTTGTTAGATATTTTCACTCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTAGTGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTAGCCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGAGCCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCAGCCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAACCTGAATTAACCGCCCGTGCCCTGGATGAAGAAGGCTGGTATTACAGCGGCGATCTCTGCCGTATGGATGAGGCTGGCTATATAAAAATTACCGGACGCAAAAAAGATATTATTGTCCGCGGCGGCGAAAATATTAGC > CP042583/1465757‑1466316 ||| tgttgtTAGATATTTTCACTCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTTCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTCAATTATTAAGGGTTTATGGTTCCCAAGCAAGATCGCCGCATGCGGTGTTGAATCCCCATGGTCCTTTGTCGCGCttttt > 2:1044497/1‑287 (MQ=255) tCACTCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGtt > 1:1950181/1‑288 (MQ=255) gATGCGTGTGTTGCGCTGCTTGGGCAGCAGCGTTGCAACTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCg < 2:1375314/289‑1 (MQ=255) gATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCg < 1:105255/289‑1 (MQ=255) aTGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCt < 2:1594269/284‑1 (MQ=255) aTGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCt > 1:1594269/1‑284 (MQ=255) aTGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGAGGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCg > 2:540946/1‑288 (MQ=255) 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tgtCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGgtg > 1:400183/1‑289 (MQ=255) gtCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGgtgt < 1:491171/289‑1 (MQ=255) tctcGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCg < 2:40031/281‑1 (MQ=255) tctcGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGgtgtc > 1:590252/1‑288 (MQ=255) tctcGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTa > 2:397337/1‑289 (MQ=255) atgggcctgctTGAGCAGCGGCGTTGCACCTGTATGCTAGCCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATTTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCGGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTa < 2:1883495/282‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |