Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 441,719 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 441,719 | 0 | A | T | 98.6% | 494.3 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (97/113); minor base G (1/2); total (99/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 441,720 | 0 | G | C | 99.1% | 495.4 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (98/115); total (99/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 441,721 | 0 | C | G | 98.6% | 478.9 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (94/116); total (99/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.28e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGCCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGAGCCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCTTTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTAGTCCGTTTGTTAGTTCCATTGGTTTAT > CP042583/441448‑441995 ||| ggCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGt < 1:1274577/289‑1 (MQ=255) gCACGGTTATTTACGACGTCGGTGTTGGTTTTGTTTATGTTGGTGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGt < 2:383721/288‑1 (MQ=255) tttttccgccggcggtgtTGGTCTTGTTTTTGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCTCTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCa < 2:1532213/275‑1 (MQ=255) cgccgtcggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGTAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTAAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCa < 1:1032011/281‑1 (MQ=255) gccgtcggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGGTGTGGTACGTTTTCTTTCTTTCTTCGCACTCCCTCTCCGGTGTGTTGCAGTGGCAg > 2:1009777/8‑289 (MQ=255) cgtcggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATATTTTTCAAAGGTATACTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAAGTTTAAAATTAAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTGGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTg > 1:1121521/6‑289 (MQ=255) tcggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGt > 1:860928/4‑289 (MQ=255) cggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTAGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGt < 1:753265/286‑1 (MQ=255) tCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCgg > 2:913848/1‑289 (MQ=255) cTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGc > 1:1207644/1‑289 (MQ=255) gTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGt > 1:630114/1‑289 (MQ=255) gTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGt > 2:653410/1‑289 (MQ=255) gTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCGCGGCAGTGGCGGt > 1:810252/1‑289 (MQ=255) 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ttttCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGt > 1:1663024/1‑289 (MQ=255) ttttCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGt < 1:540143/289‑1 (MQ=255) aaggttgtGCACGGGCTCCCGTTTGGCATCGCCGACCCGAATTTTAAAATGCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGTTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTa < 2:475803/282‑1 (MQ=255) aaaGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTa < 1:653410/289‑1 (MQ=255) aTGCTCGGGCTGCCTTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTc < 1:95893/289‑1 (MQ=255) aTGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGt < 1:1475465/288‑1 (MQ=255) 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ttgttgTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCCGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGGATACGCGTTATCGTCGTAGCTTTGTGGCGACCGGTTTTATGTCGCTGATCACCGTACCGCCGGGGGTTACTCCATTTTCTCCGgttgttt > 2:1673064/1‑288 (MQ=255) ttgttgTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCTTTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTTCACCGTTTGttt > 2:1917956/1‑288 (MQ=255) tgttgtGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCTTTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTTCACCGTTTGttt < 1:1041350/288‑2 (MQ=255) gtgGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCTTTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTTCACCGTTTGtttcatcc < 1:1214253/289‑7 (MQ=255) ggTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCTTTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTTCACCGTTTGtttcatcca < 2:1438566/288‑8 (MQ=255) aCTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCTTTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTTCACCGTTTGTTTCATCCATTgg < 2:1508053/289‑1 (MQ=255) ||| GGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGCCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGAGCCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCTTTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTAGTCCGTTTGTTAGTTCCATTGGTTTAT > CP042583/441448‑441995 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |