Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,492,636 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,492,636 | 0 | A | T | 99.6% | 541.0 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (88/139); minor base G (0/1); total (88/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,492,637 | 0 | G | C | 99.6% | 535.5 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (87/140); minor base T (1/0); total (88/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,492,638 | 0 | C | G | 99.6% | 535.0 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (88/139); minor base A (0/1); total (88/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGAGCGTATGGATGCCCCATAGTTTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGAGTAGCCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGAACATCGTGGT > CP042583/1492356‑1492916 ||| cGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATgg < 1:1487568/289‑1 (MQ=255) cccGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGAt < 1:1997471/289‑1 (MQ=255) gggCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCCACCAACTGGAACGGTTTATCTGCCTGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATTCCCCAttcat > 2:1129837/1‑285 (MQ=255) gggCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCAttcat < 1:456790/289‑5 (MQ=255) 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aGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTc > 2:1593502/1‑289 (MQ=255) tCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTGAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCg < 2:772467/288‑1 (MQ=255) cGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTggtcat < 2:1338298/288‑5 (MQ=255) 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gctgctGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTggtcatcgcaaatgat < 1:715791/288‑15 (MQ=255) gctgGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCAAATGATCAAt < 1:1635233/289‑1 (MQ=255) gctgGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCAAATGATCAAt > 1:690994/1‑289 (MQ=255) 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cATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCg > 1:1213396/1‑289 (MQ=255) aTGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGa > 1:1031400/1‑289 (MQ=255) tttGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGAACATCgtgg > 1:165060/1‑289 (MQ=255) ttGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGAACATCgtggt < 2:1900898/289‑1 (MQ=255) ||| CGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACAT‑ACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGAGCGTATGGATGCCCCATAGTTTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGAGTAGCCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGAACATCGTGGT > CP042583/1492356‑1492916 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |