| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,494,181 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,494,181 | 0 | A | T | 98.9% | 649.5 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (123/153); minor base C (3/0); total (126/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,182 | 0 | G | C | 99.6% | 653.6 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (125/152); total (126/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,183 | 0 | C | G | 99.6% | 649.4 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (125/152); total (126/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
AACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CAGCATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACACTCTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAAACTATGTGCCTGTAGGCTGAAGCTTAAAACCTCATA > CP042583/1493901‑1494456 ||| tttGGTCGGAGCGGCTGCGCTGTTTTGTTGCGGGCGATGCTGGCGGGTATGGTGGCCCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTg < 2:1945408/288‑1 (MQ=255) 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tGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACCGCTGGCACGCTGAccagcc > 2:982556/1‑289 (MQ=255) tgcCGGTTGGTGTCCGGCAAGGCGGGCGGGGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGAccagcca < 2:190406/287‑1 (MQ=255) cgcCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGAccagccag > 1:461505/1‑289 (MQ=255) ccGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTg > 2:919244/1‑289 (MQ=255) cGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGGGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTGCCGCAGGCGTGGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTgg < 1:206777/289‑1 (MQ=255) tttCCGGCAATGCTGGCGTTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGAGTGCGACGCTGGTCGGTATGGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAg < 1:1967137/286‑1 (MQ=255) tATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTTGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACTTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCGGACCAGCCAGGGGCGGCAGc > 2:1148366/1‑289 (MQ=255) aaTGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGa < 1:982556/288‑1 (MQ=255) gCTGGCGGTGGTGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGAt < 2:461505/286‑1 (MQ=255) tGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGCGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg < 2:1011083/288‑1 (MQ=255) tGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGa < 1:1356903/289‑1 (MQ=255) cgcCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGa > 1:1629720/1‑289 (MQ=255) aCGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGTTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGGGGCGCTGGTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGGTCAACGTTAGTGG‑CTCGATTACAGCTGGCCAGCTGACCAGCCAGGGACCGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGccttcctt > 2:1799758/1‑282 (MQ=255) ggCATTGCCCCGCTGGCCCCGGTGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTGGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCg < 2:1540347/289‑1 (MQ=255) ggCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg < 2:608091/262‑1 (MQ=255) cccGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGca < 1:1708497/289‑1 (MQ=255) cTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCAATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAAATGGcacaa > 2:213743/1‑287 (MQ=255) ttgACGCGATGGGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGTTGGTGCAACTTGCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGTCCTGCCAGTAAGCCTGGTGGCGCTGTTAAGCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCTCGCTGACCAGCCAGTGGCTTAAGCAAACCGATCAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACAcc < 1:488671/286‑1 (MQ=255) tgtgGATTGCGACGCAGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACAGCTTATCGACATGCACCGTACGGCGTTATACGTTAGTGGACCGC‑TGCAAGCTGGCACGCGGAACAGCAAGCGTCTGGAGGAAAGCGACAAAGCCATTCTGGATAGCAAACACGAGGCCGAACTGGCACACCACTAAttat > 2:7964/1‑286 (MQ=255) aTTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCGGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTAt > 2:575460/1‑286 (MQ=255) cGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCa > 2:559459/1‑289 (MQ=255) tGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGt < 2:964048/288‑1 (MQ=255) tGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGt < 1:183112/288‑1 (MQ=255) tGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGt < 1:1176609/288‑1 (MQ=255) ggTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGttt < 1:32781/289‑1 (MQ=255) gTATTTTTACCGTTAGTGCCCGAGGCGTTGCCGGGTTCGGGGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTATTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGttt < 2:1106632/288‑1 (MQ=255) tGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGcac > 1:446200/1‑251 (MQ=255) 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AACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGG‑CAGCATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACACTCTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAAACTATGTGCCTGTAGGCTGAAGCTTAAAACCTCATA > CP042583/1493901‑1494456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |