| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,494,877 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,494,877 | 0 | A | T | 100.0% | 160.1 / NA | 69 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (33/36); total (33/36) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,878 | 0 | C | G | 98.6% | 157.7 / NA | 69 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (33/35); minor base T (0/1); total (33/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,879 | 0 | T | A | 100.0% | 161.0 / NA | 69 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (33/36); total (33/36) | |||||||||||
TCATTTTTTTGAATCGCAGCAAAAATGCTCCCGACAGGATGTATATAATTTTGTTCATAGTATATAGTCCTTAAATAGTGAATAACCAACCTGTTTTTTATACTGATCAAATTGGTCATTTTTTCTGGGCGAAATACAGAAGTGACATCCATTCCAATAAAATCTTTATTTATACCTCTTATCCGAATTTCACTACCATAAAGATTATTAATTATTACTCTATATTTAACATTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTACTGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTACTTTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTACTTATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTACTCTGTATTAAGTTTGTAGAAAACATCTCCCGCCTCATATTGTTAACAAAATTATTATCTCATTTAAATCTAAGTCATTTACAATAT > CP042583/1494599‑1495144 ||| tcATTTTTTTGAATCGCAGCAAAAATGCTCCCGACAGGATGTATATAATTTTGTTCATAGTATATAGTCCTTAAATAGTGAATAACCAACCTGTTTTTTATACTGATCAAATTGGTCATTTTTTCTGGGCGAAATACAGAAGTGACATCCATTCCAATAAAATCTTTATTTATACCTCTTATCCGAATTTCACTACCATAAAGATTATTAATTATTACTCTATATTTAACATTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGcatcat > 2:74714/1‑289 (MQ=255) 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1:1846212/218‑1 (MQ=255) atGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTActc > 2:1846212/1‑218 (MQ=255) tCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTACTCTGTATTAAGTTTGTAGAAAACAtctc < 1:809391/239‑1 (MQ=255) tCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTACTCTGTATTAAGTTTGTAGAAAACAtctc > 2:809391/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |