Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,502,953 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,502,953 | 0 | A | T | 100.0% | 454.9 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,502,954 | 0 | C | G | 100.0% | 448.6 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (104/86); total (104/86) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,502,955 | 0 | T | A | 99.5% | 451.0 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/85); minor base C (0/1); total (104/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TAAACATTTCTGCCACCACCAGGCCAATAATAATCCCGGAGATGATATTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTACTGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAATAAAAAAAGC‑TCCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACG > CP042583/1502676‑1503232 ||| aaCATTTCTGCCACCACCAGGCCAATAATAATCCCGGAGATGATATTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGc > 1:102861/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |