| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 489,266 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 489,266 | 0 | A | T | 98.4% | 575.1 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (106/143); minor base C (4/0); total (112/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,267 | 0 | G | C | 99.6% | 589.8 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (110/144); total (112/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,268 | 0 | C | G | 99.2% | 589.0 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (110/143); minor base T (1/1); total (112/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CGCGGATCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAA > CP042583/488986‑489555 ||| cgcgGATCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCttt > 1:375376/1‑289 (MQ=255) cggcggTGTTGTCCGGAGATGTCGATATTATGGTGCCAGGTGCGGATGAGCAGCTGGCGCAGCTAAACGCCACTCAGGGTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGGGCTGGTGGAAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGCTGCTCCGGGGCGGGCAGATGCGCGTTGCCTGTTAAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCt < 2:281467/289‑1 (MQ=255) cgcTGTTGTGCGGGGATGTCGATATTATGCGGCCAGGTGCGTCTGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCGGGTTGGGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTgg < 1:1337810/288‑1 (MQ=255) tggtgggcggcgAGGTCGAGATGATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGAAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACt < 1:1518207/283‑1 (MQ=255) ttgtGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTcc > 1:739098/1‑289 (MQ=255) aTGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGTCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGCGGCGTGTGCACTACCGCGCCCGGTCTGTTTGACCCCGGCCATCCATGCgctcat > 2:1722222/1‑284 (MQ=255) tCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGa > 1:1711781/1‑289 (MQ=255) tgcggcacggTGAGGTTGCGCGGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGc < 2:1053148/281‑1 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGTTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGCCAGCGTGGCGGTGGCACTAACCCGGTCCGCCTGTGTGACCATGGCACTCCATGCGCTAGTTGAACCTggcccgg > 2:232815/1‑281 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACCCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCgg > 1:1317902/1‑286 (MQ=255) ccAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTCTGACCCTGGCACTCCATGCGATACTTGAAGCGGGAGCgg > 2:117058/1‑286 (MQ=255) gTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCt > 1:1408669/1‑289 (MQ=255) tGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGa > 2:1906431/1‑245 (MQ=255) tGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGa < 1:1906431/245‑1 (MQ=255) gggtaggagaggCTGCCGAAGGTCAAGGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAGCACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTa < 2:1577161/277‑1 (MQ=255) gAGGATGCGCAGCGGGCGCTGCTCAACGCCAGTCAGGTTGGGAATCCGGGTACCACGCTTGGGGCGCTGGTGGCAGAGCAAGCGGCAAAACCACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTa < 2:1668748/288‑1 (MQ=255) tATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTAcc > 1:674237/1‑287 (MQ=255) tATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCg > 2:876000/1‑288 (MQ=255) gCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCa < 1:1667415/246‑1 (MQ=255) 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tACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCgg < 2:1529231/289‑1 (MQ=255) ccGTCCTTTTTACCCGGCCGCTCCAGGCGTTAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGGTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTGTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGaa < 2:1408669/288‑1 (MQ=255) ||| CGCGGATCCGGCGCTGTTGTGCGGCGATGTCGATATTATGCTGCCAGGTGAGTATGCGCAGCTGGCGCAGCTCAACGCCACTCAGGTTGAGATTCCAGAAACCACGCTTAGCGCGCTGGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCA‑GGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAA > CP042583/488986‑489555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |