Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,506,213 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,506,213 | 0 | A | T | 99.5% | 446.5 / NA | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (107/84); total (109/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,506,214 | 0 | G | C | 99.5% | 442.2 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (107/85); total (109/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,506,215 | 0 | C | G | 98.4% | 438.4 / ‑6.0 | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (104/85); minor base A (2/1); total (109/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ATCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTAGTGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATAGCCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTACTGAACTTGATCCGGGCTATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTT > CP042583/1505940‑1506488 ||| cGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACa > 1:1942700/1‑289 (MQ=255) cGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGCTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGGGGTGGCGCTGAACGAACACCACCCGGAAATGACTCAATAACATAATATTCAAAACTCGCGGTGGAGGGGGGCGGTTACTTCGCTGGGAGTAGCGACa > 2:1655420/1‑289 (MQ=255) tgatgaACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACg < 2:297594/289‑1 (MQ=255) gaACAAAAACTTTGTTCTGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATTTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTaa < 1:912604/289‑1 (MQ=255) 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tGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGGTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACgg < 1:962705/289‑1 (MQ=255) gAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGCGCGTTTGCGGGTGGAGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATAGCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCCGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACACCGTTACATCGGACACCCGCCGGGTTTGTTCactagtgtt > 2:1647429/1‑282 (MQ=255) gAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGtt > 2:1707316/1‑289 (MQ=255) 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ATCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTAGTGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATAGCCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTACTGAACTTGATCCGGGCTATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTT > CP042583/1505940‑1506488 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |