| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 489,830 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 489,830 | 0 | A | T | 99.5% | 482.1 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,831 | 0 | G | C | 100.0% | 485.6 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (89/120); total (89/120) | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,832 | 0 | C | G | 99.5% | 480.5 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (88/120); minor base T (1/0); total (89/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
AAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGAGCATGCTGGCGGCATTTGTTGCCAGCCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGC > CP042583/489555‑490109 ||| aaGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGAcgccgc > 2:287298/1‑288 (MQ=255) 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aTTTGTTGACTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTgccg < 1:167589/289‑1 (MQ=255) ||| AAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGAGCATGCTGGCGGCATTTGTTGCCAGCCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGC > CP042583/489555‑490109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |