| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 490,460 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 490,460 | 0 | A | T | 99.4% | 358.3 / NA | 157 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 490,461 | 0 | G | C | 99.4% | 364.0 / NA | 157 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (70/86); total (71/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 490,462 | 0 | C | G | 99.4% | 365.9 / NA | 157 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (69/86); minor base T (1/0); total (71/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑AGCCAAAGCGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCAT‑TCAGCAGCTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGC > CP042583/490183‑490732 ||| gtccAGCCGCTTTGTTGCCGTGCCTTTGGGCCCGGGTGAAGGGAGGTACCGTACCGGAGACGTTGCCGGCTGGCTGGTGAACGGGGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGAGAAATCGATCGGGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCg < 2:756851/287‑1 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ttATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAg < 1:281488/289‑1 (MQ=255) aTCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAAACGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTCTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGGGGTTGTGCGCGGCAATTTGTTGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTG‑CGGTGGTTACCAGCGCATTGcgg > 2:1463509/1‑287 (MQ=255) aGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGt > 2:335857/1‑289 (MQ=255) 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accgtaccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc < 1:1059584/289‑1 (MQ=255) accgtaccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc < 1:166530/289‑1 (MQ=255) taccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc < 2:1359043/285‑1 (MQ=255) taccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacc > 1:1359043/1‑285 (MQ=255) taccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACat > 1:1979070/1‑289 (MQ=255) taccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTG‑TCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACat > 2:445459/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |