| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,517,725 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,517,725 | 0 | A | T | 99.3% | 347.3 / NA | 149 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (69/78); total (71/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,517,726 | 0 | G | C | 99.3% | 342.3 / NA | 149 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (70/78); minor base A (1/0); total (71/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,517,727 | 0 | C | G | 100.0% | 347.4 / NA | 149 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (71/78); total (71/78) | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCC‑CGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGACTGGCTGCGCATTTTGACGCTCAGGCGCTCACCGAACTGACGGCATTGATCGGCCT > CP042583/1517445‑1518002 ||| gACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGACGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGTAGCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCGGGCTGGAGCGCAAACGCTCACTGCCCGATCCGGTGGTACGATCGCTTGTCAgcgcgcgc > 2:53996/1‑289 (MQ=255) 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tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTGCGATAGCTTGTCAGCCCGCTCATTGCGCCAATGATCATGTGGGGGTtgtgtggg > 2:153906/1‑287 (MQ=255) tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTtgtgtg < 2:1694778/289‑1 (MQ=255) cGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCAc < 2:469720/288‑1 (MQ=255) 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ggTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCC‑CGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGACTGGCTGCGCATTTTGACGCTCAGGCGCTCACCGAACTGACGGCATTGATCGGCCt > 1:1097807/1‑288 (MQ=255) ||| TTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCC‑CGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGACTGGCTGCGCATTTTGACGCTCAGGCGCTCACCGAACTGACGGCATTGATCGGCCT > CP042583/1517445‑1518002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |