| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,519,839 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,519,839 | 0 | A | T | 99.1% | 532.1 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (120/107); minor base C (2/0); total (125/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,519,840 | 0 | G | C | 98.7% | 515.0 / ‑5.6 | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (121/104); total (125/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,519,841 | 0 | C | G | 99.1% | 536.8 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (121/107); total (125/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑AGCCTGAGCGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAA > CP042583/1519562‑1520109 ||| ctTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAt > 1:1901162/1‑289 (MQ=255) tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAt‑gtg > 1:1688072/1‑289 (MQ=255) tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATGCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCGTGCA‑ACGGCTGTGCTGGCGTTTGTTGCCTGGTTGCCTTA‑TGTCGTGGAt‑gtg > 2:524700/1‑289 (MQ=255) aCGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAat > 1:1287638/1‑289 (MQ=255) gctgctTTCTGACTATTTCCCGGTTTTCACGCGGCCAATGGACCGCTTTGGCACCGGGCTGGGCCTCACCCTTGCAGAGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGGGGATGTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTGATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGGTGCTGGTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑TTGGCGATGCTGGCGATTGTGGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATtct < 2:359804/288‑1 (MQ=255) tGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGt > 1:520916/1‑289 (MQ=255) tGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGt > 1:1784231/1‑289 (MQ=255) aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTTCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCCATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TTGCTTCCGGTCCTGGGT‑GTGGCAATTCTTTCCGGGCCCGGTaagt > 2:491/1‑286 (MQ=255) aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGCT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATc > 2:1519072/1‑288 (MQ=255) aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATc > 2:920099/1‑288 (MQ=255) aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAAAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGGAATc > 1:1046532/1‑288 (MQ=255) cTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGt > 1:369902/1‑289 (MQ=255) tCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTa > 1:900996/1‑289 (MQ=255) ccGCCACGGGACCGATTTGCCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTGGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTaa < 2:1804279/289‑1 (MQ=255) cGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATtct > 1:168374/1‑256 (MQ=255) cGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATtct < 2:168374/256‑1 (MQ=255) ccAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTa > 2:570939/1‑289 (MQ=255) ccAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGAAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGTCA‑ATGGCGAGGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCGGTAGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTCTTCTCGGGCAAGGTACTCCCCGGACGCTGGCGGTAATTa > 2:1279598/1‑289 (MQ=255) aTGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCt < 1:1974007/289‑1 (MQ=255) aCCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGc < 1:1143972/288‑1 (MQ=255) gcggtttGGCATGGGTCTGGGCCTCCCCCTTGAAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCTGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCa < 2:1661582/284‑1 (MQ=255) ccGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCa < 1:1915277/288‑1 (MQ=255) 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gcgagggCGATTGTTGCCGGG‑TCGCTGTGGGTCG‑GGATGGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGAttttt < 2:1059180/283‑1 (MQ=255) tGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGAttttttt > 1:472376/1‑289 (MQ=255) cTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTa < 1:947558/288‑1 (MQ=255) gtttgttgCCTGG‑TCGCTGTCGGTCATGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCtt < 2:475794/286‑1 (MQ=255) ttgttgCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTaa < 1:1794407/288‑1 (MQ=255) ||| CTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑AGCCTGAGCGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAA > CP042583/1519562‑1520109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |