Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,534,066 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,534,066 | 0 | A | T | 98.7% | 556.1 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,534,067 | 0 | G | C | 99.2% | 553.8 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (116/120); total (118/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,534,068 | 0 | C | G | 100.0% | 562.7 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (118/122); total (118/122) |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CGTAATTGGCGGTGCAGATATGACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGT‑TACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGAGCCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTGCCACAAACCTTCTGGCCAGATCACTGTGTGCAGAACAGTGAAGGCGCACAATTACATCCGTTACTGCACCAAAAAGCGATCGCAGCGGTGTTCCATAAAGGCGAAAATCCTTTAGTTGACAGTTACAGTGCCTTTTTTGATAACGGCCGTCGGCAGAAAACCTCTCTCGA > CP042583/1533794‑1534346 ||| cGTAATTGGCGGTGCAGATATGACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGT‑TACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGt > 1:775058/1‑289 (MQ=255) 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tGGTGCCAGTCGCGCGCTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTGCCACAAACCTTCTGGCAAGATCACTGTGTGCAGAACAGTGAAGGCGCACAATTACATCCGTTACTGCACCAAAAAGCGATCGCAGCGGTGTTCCATAAAGGCGAAAATCCTTTAGTTGACAGTTACAGTGCCTTTTTTGATAACGGCCGTCGGCAGAAAACCTCTCTCg < 1:1563989/289‑1 (MQ=255) ||| CGTAATTGGCGGTGCAGATATGACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGT‑TACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGAGCCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTGCCACAAACCTTCTGGCCAGATCACTGTGTGCAGAACAGTGAAGGCGCACAATTACATCCGTTACTGCACCAAAAAGCGATCGCAGCGGTGTTCCATAAAGGCGAAAATCCTTTAGTTGACAGTTACAGTGCCTTTTTTGATAACGGCCGTCGGCAGAAAACCTCTCTCGA > CP042583/1533794‑1534346 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |