| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 491,881 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 491,881 | 0 | A | T | 100.0% | 344.1 / NA | 145 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 491,882 | 0 | G | C | 100.0% | 339.0 / NA | 145 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (97/48); total (97/48) | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,883 | 0 | C | G | 99.3% | 334.9 / NA | 145 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (97/47); minor base T (0/1); total (97/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGAGTAGTCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGAGCCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCAGTGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGAAAAGTTTCACTAAGCTTCGTGTGCTGGATCTGGATATCAAAATTGATCGTACAGAAGCATTTAACCTGTTTATCAAGAAGTTTCA > CP042583/491602‑492155 ||| aCAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATGTCTCTTAAATAGAGTGAAAGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCGTCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTtaatctaatctc < 2:1504371/289‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |