Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,541,383 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,541,383 | 0 | G | C | 100.0% | 573.7 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,541,384 | 0 | C | G | 99.2% | 568.4 / ‑5.4 | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (116/124); minor base A (0/2); total (116/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,541,385 | 0 | T | A | 100.0% | 573.7 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (116/126); total (116/126) |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TCGCCAGACCGGAGCCACGGAGTTTGGCCTCTGTCGGCCAGATTTCAGGGACATACACTGCGCTGGCATAGCAAACGTACATATAGACGAAAGTAATCAGGAAGAAACCAATCAACGTTATGAGCAACATACTGGTTTGCAGACTATAGATATATCCGAGCACCGCAATCAGGATTAATAGCCCCACACCCATTGTTTTACGCGGAATTTTATCCATCACCAGCATGGCAATAAAAATACCAAATGGCGCGCCAAACATACTCATGGTATTTAAAACAATGCTGTCTTTTAAATTAATCCCCTGGGTCATGAATATTGTTGGCAACCAGTTAATTAGTGTGTACTGCACAACGTTCATGGCAATCAGCACACAAGAGCCTAATATCACGCGTTTCAGTAATACTCCTGTCAGTAAGGCACTATACGGCACCGCTTGTGGCGCTTTACCGTCATCAGCAATAACCACAGGCGGCAAAGGTTTACCCGTCTGGCGTATGACGCCTTCTTCTATACTCCGCATGACTTTCTCGGCTTCCTGATACCGTCCGCGGCTTTCCA > CP042583/1541103‑1541660 ||| ccGGAGCCACGGAGTTTGGCCTCTGTCGGCCAGATTTCAGGGACATACACTGCCGAGGCATAGCAAACGTACATATAGACGAAAGTAATCAGGAAGAACCCAATCAACGTTATGAGCAACATACTGGTTTGCAGTGAATAGATATATCCGAGCACCGCAATCAGGATTAATAGCCCCACACCCATTGTTTTACGCGGAATTTTATCCATCACCAGCATGGCAATAAAAATACCAAATGGCGCGCCAAACATACTCATGGTATTTAAAACAATCGAGTCTTTTAAATTa < 2:107176/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |