| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 492,966 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 492,966 | 0 | A | T | 98.8% | 599.6 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 492,967 | 0 | C | G | 99.2% | 600.8 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (121/134); minor base T (1/1); total (122/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 492,968 | 0 | T | A | 100.0% | 608.6 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (122/135); total (122/135) | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGAGTTTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTACTAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCTGATTAAGATCGTGCAGCACCGCCGCCAGGGTATAGCCTTTTTCGCGGTTCAGTTCGCTTAACAACTCCAGCAAATCAATCTGATGACTGATATCCA > CP042583/492688‑493246 ||| gACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCg < 1:1197938/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |