| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,555,223 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,555,223 | 0 | A | T | 99.6% | 539.2 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (106/123); minor base G (0/1); total (106/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,555,224 | 0 | G | C | 99.6% | 530.1 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (106/123); total (106/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,555,225 | 0 | T | A | 98.7% | 529.0 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (104/122); minor base C (1/2); total (106/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTAGTATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCAGTACCTTGATTCACAGCTTTCTGAACTGGAAAAGTCTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTAGCCTGATTGTGGGGAAACAGTAATTATTGCCGCGGGTCTGGTTTCGCACTTTGTGGGGAAACAGTAGTTAATCTCGCAATATATCGGCCTGGCGTTTGCC > CP042583/1554945‑1555494 ||| tattatTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGc > 1:1239795/1‑289 (MQ=255) 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ttttGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCCCTGGTGGCGATTGCa > 1:808874/1‑289 (MQ=255) ttttGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCa < 2:851245/289‑1 (MQ=255) taGGAAACCACGATGTTTGCTGTCACTTTGCGTGTCCTGCTGGTGTTAGCTGCGCTTGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGGGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCg < 2:1316492/288‑1 (MQ=255) 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TATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTAGTATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCAGTACCTTGATTCACAGCTTTCTGAACTGGAAAAGTCTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTAGCCTGATTGTGGGGAAACAGTAATTATTGCCGCGGGTCTGGTTTCGCACTTTGTGGGGAAACAGTAGTTAATCTCGCAATATATCGGCCTGGCGTTTGCC > CP042583/1554945‑1555494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |