Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,555,916 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,555,916 | 0 | G | C | 99.6% | 647.1 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,555,917 | 0 | C | G | 99.6% | 652.6 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (130/147); minor base T (1/0); total (131/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,555,918 | 0 | T | A | 99.3% | 647.8 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (131/145); total (131/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
AACCCCGTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGGCTTATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCATTGT‑CACTGCGCTGGGTTCGATAAACAGAAAACAGAGTTCAGCATTAGCTGTTACTTGATTGCTATGTTCCACCCCGCCCGGTATCCAAACCGCATATTGTGGCGGCACCATCCACAAAGCATTTTCCACCGTACAGGTAATTGCACCATGTAGCGCCAGTATCAGCTGTCCTTTGCGGTGCTGATGTACAGGACTGGTTAACTCATCCGTTCCGGCGTGAATACAAAATGCGACCGCGGCTTCATGGTGTCGGT > CP042583/1555638‑1556202 ||| aaCCCCGTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCa < 1:1884356/289‑1 (MQ=255) aaCCCCGTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCa > 1:1925430/1‑289 (MQ=255) ccGTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAAtgt > 1:603024/1‑289 (MQ=255) gTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCAATGTGc > 2:845480/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |