Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,557,083 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,557,083 | 0 | A | T | 99.5% | 489.6 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (110/97); total (112/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,557,084 | 0 | G | C | 99.0% | 484.2 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (109/96); minor base T (1/1); total (112/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,557,085 | 0 | T | A | 98.1% | 478.2 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (109/96); minor base C (3/1); total (112/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCAGCGGGATGGCACAATCCG > CP042583/1556805‑1557362 ||| tGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATgg > 1:1968076/1‑289 (MQ=255) gCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATgg < 2:1205618/288‑1 (MQ=255) gCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGt < 1:1126107/289‑1 (MQ=255) gCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGt > 1:738345/1‑289 (MQ=255) 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ttttGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCcaca > 1:377893/1‑289 (MQ=255) gctggcAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGGTCACCTCATGTGTTGCTTCAACTGGCCAcagcag > 2:1704940/1‑288 (MQ=255) tggcAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCGGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCAc < 1:924136/289‑1 (MQ=255) 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tGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACtttt < 1:713131/289‑1 (MQ=255) tgtgTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCt < 1:1704940/288‑1 (MQ=255) tgtgTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGGTTGCTTACCCCACTtttttt > 2:1952998/1‑289 (MQ=255) 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tATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTAt > 1:1629242/1‑289 (MQ=255) ccACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTTTTACACTCTGGTAAAGATCAGCGTGGTATTGGAGcct > 2:111011/1‑287 (MQ=255) aaGTGGCGAGGTCAACACCAGGCAGATTTAAGTACCTCGCGCGCCTTACATACCCGTGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGcgttcg < 2:475434/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |