Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,557,344 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,557,344 | 0 | A | T | 99.6% | 547.3 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,557,345 | 0 | G | C | 99.2% | 553.1 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (113/124); total (113/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,557,346 | 0 | C | G | 99.2% | 555.3 / ‑2.2 | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (112/125); minor base T (1/1); total (113/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.08e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTT‑TCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCAGCGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGAT‑GGGTAAAATACACGATGCTAACGGTAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTAGTCTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCGCTAATATCCGGTGCTATAGTGACGTAACAAATCATGCGTGAAAGGGAGAACAAACACGATGAATATTCAGTGCAAACGCGTTTATGATCCGGCTGAACAGAGCGATGG > CP042583/1557064‑1557621 ||| cacaGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTT‑TCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCTCGGGGATGGCACaaa > 1:1009797/1‑287 (MQ=255) tGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTT‑TCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATttgtt > 2:1556505/1‑289 (MQ=255) aTGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTT‑TCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGc < 2:789902/289‑1 (MQ=255) tGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTT‑TCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCa < 2:563258/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |