Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,561,564 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,561,564 | 0 | A | T | 99.6% | 630.5 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,561,565 | 0 | C | G | 99.2% | 624.8 / ‑4.2 | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (139/124); minor base T (2/0); total (141/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,561,566 | 0 | T | A | 99.6% | 633.3 / ‑4.8 | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (140/125); minor base G (1/0); total (141/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
AAGATAACCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCC‑GATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGACTAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCACTCGTCGCCAGCCTACTAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCAATGTTTTCGCTAACATCCCACCAGGAACGCAGAGCAATCCCCTGCCCATCGAGACACCACTGATGGACAATTTCTCCATGATTAGAGCTCAGTGGGCCGGTGACTTTAATCGCATGGGGGCCT > CP042583/1561288‑1561840 ||| ccGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCC‑GATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGc > 1:481244/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |