Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,564,874 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,564,874 | 0 | A | T | 99.7% | 680.1 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,564,875 | 0 | G | C | 99.7% | 670.8 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (147/138); minor base T (1/0); total (148/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,564,876 | 0 | C | G | 99.7% | 676.9 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (147/137); total (148/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GGCGATGGTAGTTTTACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCAGTTACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGAGCTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCAGCCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTAGC‑CTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGCGGGTT > CP042583/1564598‑1565160 ||| ggttcatttACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTAACGCAACTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAAt > 2:1976131/7‑289 (MQ=255) tttACCCTGAACGGGACCGTTTTTTACTGGCTGTGGTTGATCCCATACACCCCTGGAGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGCACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGCTcc < 2:1549013/289‑1 (MQ=255) ttACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCt < 1:105081/289‑1 (MQ=255) ttACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCt < 1:606922/289‑1 (MQ=255) gaaacgtgtccatttgCTCCTTGCTGTGGTGGATTGCATACACCCCTTGCGTAGGAATGTTTGGCACCCGCGGTTGCCGCGGTCGGAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGAATGATCCTCGGCAGGACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTcgccgc < 2:1063958/277‑1 (MQ=255) gCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTcgccgc < 1:1187000/289‑1 (MQ=255) cAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTATCCCGCGGTCGTACGATTAAAGACGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCCGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCATAGGTGCTGGAAATACTGGGCAGCGACACAGCTGTCCCGCACGTTCTGATGTCGTTGCAAGCCGGTAAATTTTTCCccgccg > 2:1440941/1‑287 (MQ=255) 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acCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATgg < 1:1261801/289‑1 (MQ=255) cccTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTgcctcgcatatctgt > 1:1419943/1‑277 (MQ=255) cccTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGAGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCACCACCGTCGTTTGCTGGTCCTTCTTTGGCGTATTGGAAAGCCATGCCCTTCAACAGTTTATCAGTGGCGTAATCAACGTCCCACATGTGCTGGCAACACTGTGCGGCTAAACAGCTGTCCAGCAAGTTCTGATGTCCTTGCCAGCAGGTCAATTGTACCTCGCCCCATACAATGTCTTTACGGTGATTTTCCTTgcctcgaatatgga > 2:1668811/1‑277 (MQ=255) 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tCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTTCG‑CTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTca > 2:1827305/1‑248 (MQ=255) tCTGATGTCGTTGCCAGCAGGTACATTGTTCCTCGCCACATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTAAGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGTGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCGCCCTGCCATCTTGTTTACCGGTTCTTCG‑CTGGAAACGCTGAAAACCACCCGCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTACCGGATGAAAGAcga > 2:614263/1‑287 (MQ=255) ||| GGCGATGGTAGTTTTACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCAGTTACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGAGCTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCAGCCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTAGC‑CTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGCGGGTT > CP042583/1564598‑1565160 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |