Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,564,937 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,564,937 | 0 | A | T | 99.3% | 627.9 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,564,938 | 0 | G | C | 100.0% | 632.7 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (138/133); total (138/133) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,564,939 | 0 | C | G | 99.3% | 618.7 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (135/133); total (138/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGAGCTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCAGCCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTAGCCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGCGGGTTTATTCGCTGGCTGAAACAGGATTACGCCGACATTCCGGCTCATCAAGTTGAACATT > CP042583/1564658‑1565216 ||| acCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATgg < 1:636041/289‑1 (MQ=255) 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tgatTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTTCGCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGCGGGTTTATTAGCTGGCTGAAACAGGATTACGCCGACATTCCGGCTAATCAAGt > 1:490485/1‑289 (MQ=255) ttCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTTCGCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGCGGGTTTATTCGCTGGCTGAAACAGGATTACGCCGACATTGCGGCTCATCAAGTTGAACAtt < 2:1545700/289‑1 (MQ=255) ||| ACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGAGCTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCAGCCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTAGCCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGCGGGTTTATTCGCTGGCTGAAACAGGATTACGCCGACATTCCGGCTCATCAAGTTGAACATT > CP042583/1564658‑1565216 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |