Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 437,338 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 437,338 | 0 | A | T | 100.0% | 520.6 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 437,339 | 0 | G | C | 99.6% | 515.1 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (114/105); minor base T (0/1); total (114/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 437,340 | 0 | C | G | 99.5% | 511.3 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (112/106); total (114/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
ATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGAGTCTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCAAGCGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCAGCCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGAGCATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTG > CP042583/437058‑437619 ||| aaaaGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCaa < 2:1987963/287‑1 (MQ=255) aGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCa < 2:1233701/289‑1 (MQ=255) aGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCa < 1:1672332/289‑1 (MQ=255) aaaGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATg < 2:1739526/289‑1 (MQ=255) 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tGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGCAATCGGTGCGCGTGCAGGGACGTGGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACCGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTTGGCGGTATCGGCGCTGGTAAAACCTGAACAGTGGCAAAtacgatca > 2:579028/1‑282 (MQ=255) ||| ATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGAGTCTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCAAGCGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCAGCCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGAGCATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTG > CP042583/437058‑437619 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |