Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,578,510 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,578,510 | 0 | A | T | 99.5% | 488.5 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,578,511 | 0 | G | C | 99.5% | 496.4 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (104/107); minor base A (1/0); total (105/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,578,512 | 0 | C | G | 99.5% | 499.4 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (104/107); minor base T (1/0); total (105/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
TGGCAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCACGTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAAGCGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTAGTATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGC > CP042583/1578231‑1578790 ||| cAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCACGTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCg < 2:1085469/288‑1 (MQ=255) aaaCCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCACGTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCgg < 2:951669/288‑1 (MQ=255) aaaCCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCACGTCGTGCGTCTGCCCTGCGCAGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCgg < 2:599416/288‑1 (MQ=255) aaCCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCACGTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGAc < 1:108633/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |