Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 495,951 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 495,951 | 0 | A | T | 99.5% | 470.3 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 495,952 | 0 | G | C | 100.0% | 472.4 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (110/91); total (110/91) | |||||||||||
* | CP042583 | 495,953 | 0 | T | A | 99.5% | 471.9 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (109/90); minor base G (0/1); total (110/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GCTTAATGCCGTCGCGATAATCAGTAATAACAGCAATCCGGGCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGT‑TGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCAGTATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTAGCGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTT > CP042583/495676‑496231 ||| gTCGCGATAATCAGTAATAACAGCAATCCGGGCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCGACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGAACTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGCATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCGCAGCCTGT‑TGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCCCGTTTCATCTCAATGGTGTCTCTGGGTTTGccc > 2:380111/1‑287 (MQ=255) 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GCTTAATGCCGTCGCGATAATCAGTAATAACAGCAATCCGGGCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGT‑TGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCAGTATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTAGCGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTT > CP042583/495676‑496231 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |