| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,588,966 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,588,966 | 0 | G | C | 100.0% | 620.9 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,588,967 | 0 | C | G | 100.0% | 618.0 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (152/112); total (152/112) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,588,968 | 0 | T | A | 99.2% | 614.7 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (150/111); minor base C (2/0); total (152/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TTTCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACGCTTTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGACTACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATAAGAAGAACCACCACGCTTACAACCAAAGACGCAATGTTCATCACGCCACTATTTACAACTTCGTTCATTTCACCACCTCTGAGTAGAGGCGCTATTCTACC > CP042583/1588694‑1589244 ||| tttCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCGATTTTTGACTCTCa > 2:299880/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |