Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,592,007 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,592,007 | 0 | A | T | 99.0% | 476.2 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,592,008 | 0 | G | C | 99.5% | 474.2 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (81/122); minor base T (1/0); total (82/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,592,009 | 0 | T | A | 97.5% | 467.4 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (78/120); minor base C (4/1); total (82/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TTTACTGCGTATCCCGCTGTTTAGTCTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCG‑TGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCC‑TGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGAGTCCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCAGCCTGATGGCTGCGGCTATTCTGGCAGTGATTGCTGCCTGTGTCAGTGGT > CP042583/1591727‑1592279 ||| tggcttATCCCGCTCTTTTCACTTTCTATTTGCGCCTCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACCAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCG‑TGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACC‑TGCGGata < 2:1059506/284‑1 (MQ=255) cTGCTTTTCCCGCTGTTTTCACTTTCTCTTTGCACACTTGTTTGGTCTTTCTGCGCACAAATGCTGTCAATGGTTTCCCTGCCCGTTTACCTTCAAACCGTTCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAGACAGGTTTACTTCTGACACCG‑TGGCCGTTAGAAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTTTTTGATTGGACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACC‑TGCGGata < 2:1499933/289‑1 (MQ=255) ttcacTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCG‑TGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACC‑TGCGGATATCAATATTATCTGGCCg < 1:1938111/285‑1 (MQ=255) ttcacTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCG‑TGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACC‑TGCGGATATCAATATTATCTGGCCg < 2:108771/285‑1 (MQ=255) 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tCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCG‑TGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACC‑TGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTg > 1:561422/1‑289 (MQ=255) tCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCG‑TGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCCCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTTCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCCTTTTTCCCTGGTTCCTCTGCCCGCCTCCAC‑TGCGGGTACCCATATTATCTGGTCGTTTTTCTTTGTTGGTGCtc > 2:217901/1‑288 (MQ=255) gTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCG‑TGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACC‑TGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGAt < 2:19696/289‑1 (MQ=255) 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gCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACC‑TGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCTCGCTGATGGCTGCGGCTATTCTGGCAGTGATtg < 1:1516258/289‑1 (MQ=255) cGGGGCTTTTTTTCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACC‑TGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCTCGCTGATGGCTGCGGCTATTCTGGCAGTGATtg < 2:1237206/288‑1 (MQ=255) cTTTTTTCCTTGTCTTTGCTGCCCGCGGCACC‑TTCGGATAGCAATGTTTACTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTAATCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCTCGCTGATGGCTGCGGCTATTCTGGCAGTGATTGCTGcc < 2:1341573/288‑1 (MQ=255) cTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACC‑TGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCTCGCTGATGGCTGCGGCTATTCTGGCAGTGATTGCTGcc < 1:1126302/288‑1 (MQ=255) ggTTCTGCTGCCCGCGTACAC‑TGCGGATATCAATATTAGCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCTCGCTGATGGCTGCGGCTATTCTGGCAGTGATTGCTGCCTGTGTCAGTGGt < 2:740381/289‑1 (MQ=255) ||| TTTACTGCGTATCCCGCTGTTTAGTCTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCG‑TGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCC‑TGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGAGTCCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCAGCCTGATGGCTGCGGCTATTCTGGCAGTGATTGCTGCCTGTGTCAGTGGT > CP042583/1591727‑1592279 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |