Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,592,073 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,592,073 | 0 | A | T | 99.0% | 443.6 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,592,074 | 0 | G | C | 100.0% | 448.8 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (88/104); total (88/104) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,592,075 | 0 | T | A | 99.0% | 454.6 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (88/102); minor base C (0/2); total (88/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGAGTCCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCAGCCTGATGGCTGCGGCTATTCTGGCAGTGATTGCTGCCTGTGTCAGTGGTTTACGTATCACTCAGCCACGATCCAGGGCATAAAAAAAGCGCGTCGATCAGGACGCGCTTTTTAGTATTTACTT > CP042583/1591797‑1592353 ||| aaTGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACcac < 1:667040/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |