| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 496,350 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 496,350 | 0 | A | T | 99.6% | 522.8 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (115/108); total (116/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,351 | 0 | G | C | 98.7% | 511.5 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (115/106); total (116/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,352 | 0 | C | G | 99.1% | 522.0 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (114/109); total (116/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCAAGCCTT‑GGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGAGCGT‑GATTAGCCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAAAGTTTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAA > CP042583/496070‑496621 ||| ccTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTT‑GGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATg > 1:686091/1‑289 (MQ=255) aTGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTT‑GGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATGACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGAtgg > 1:1369665/1‑287 (MQ=255) aTGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTT‑GGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCACGTTGACCGTGCGTCTGGGGTGGGG‑GATTTCGCCCATGAtgt > 2:517263/1‑287 (MQ=255) ggTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAGTGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTT‑GGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGATTgg < 1:705970/288‑1 (MQ=255) 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cAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTT‑GGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTgg > 1:249029/1‑289 (MQ=255) aaaaaacGTGATTTTGCTGGGGGCCGGCACCTGGGGCATTGGCTTCCTTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCAGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTT‑GGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTg < 2:1491857/287‑1 (MQ=255) ggCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTT‑GGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTggcggcg > 2:842834/1‑289 (MQ=255) 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gTGCGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTAGCCGGCgctggctg > 1:1606496/1‑289 (MQ=255) tGCGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGgcg > 1:439346/1‑281 (MQ=255) gCGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGa < 1:196503/288‑1 (MQ=255) cGTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATc > 1:1643111/1‑274 (MQ=255) ttctgggtgcggT‑GATTTGGCCCATTATGGGCGGTTTATTGCTGGCGGCCGGTGGCGTAGCCTGGAACTGCGGGCTGGCGGCGG‑CGGGAACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACaa < 2:583183/278‑1 (MQ=255) gTCTGGGGTCGGT‑GATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACa > 1:568812/1‑288 (MQ=255) ||| CCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCAAGCCTT‑GGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGAGCGT‑GATTAGCCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAAAGTTTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAA > CP042583/496070‑496621 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |