Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,597,113 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,597,113 | 0 | A | T | 99.3% | 665.4 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,597,114 | 0 | G | C | 99.3% | 657.3 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (142/138); total (143/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,597,115 | 0 | C | G | 100.0% | 665.5 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (143/141); total (143/141) |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGC > CP042583/1596835‑1597392 ||| aaGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTg > 2:939611/1‑288 (MQ=255) 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atcatGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGc < 2:1491929/264‑1 (MQ=255) atcatGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCg < 2:725522/289‑1 (MQ=255) tcatGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGc < 1:859626/263‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |