| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 442,475 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 442,475 | 0 | A | T | 99.5% | 506.1 / ‑5.5 | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (120/97); minor base C (0/1); total (120/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 442,476 | 0 | G | C | 99.5% | 503.1 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (120/96); total (120/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 442,477 | 0 | C | G | 99.5% | 499.1 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (119/97); total (120/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
ATTTATCGACTCGCATTGCCGTTATTTGTCGGCATATTTTTAATGGCATTACCGCCTGTGTATCTGCAAGACCTTCCATTAACGCTTCGTCCTCTGCTCAGTAACGGCTTATTGGTCGGGATTTTACTGGCTGTTCTTATGGATAACCTTATTCCGTGGGAACGCATCGAATAATTTGTTGAAAAAGGATTGATAATGAAGATTGTCATTGCGCCAGACTCTTTTAAAGAGAGCTTAAGTGCAGAAAAATGTTGTCAGGCAATTAAAGCCGGG‑TTTAGCACCCTCTTTCCCGATGCGAACTATATCTGTTTGCCGATAGCGGATGGCGGCGAAGGGACGGTGGATGCGATGGTCGCCGCGACGGGCGGCAACATCGTGACGCTTGAAGTCTGCGGGCCGATGGGCGAAAAAGTGAATGCTTTTTATGGCCTTACCGGCGACGGGAAAACGGCGGTGATTGAGATGGCGGCAGCAAGTGGCCTGATGCTGGTCGCGCCTGAAAAGCGTAATCCGTTGCTGGCCTCCAGTTTTGGTACGGGGGAGTTAATTCGTCATGCG > CP042583/442199‑442756 ||| atTTATCGACTCGCATTGCCGTTATTTGTCGGCATATTTTTAATGGCATTACCGCCTGTGTATCTGCAAGACCTTCCATTAACGCTTCGTCCTCTGCTCAGTAACGGCTTATTGGTCGGGATTTTACTGGCTGTTCTTATGGATAACCTTATTCCGTGGGAACGCATCGAATAATTTGTTGAAAAAGGATTGATAATGAAGATTGTCATTGCGCCAGACTCTTGTAAAGAGAGCTTAAGTGCAGAAAAATGTTGTCAGGCAATTAAAGCCGGG‑TTTTCGACCCTCTTTc < 2:825497/289‑1 (MQ=255) 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ATTTATCGACTCGCATTGCCGTTATTTGTCGGCATATTTTTAATGGCATTACCGCCTGTGTATCTGCAAGACCTTCCATTAACGCTTCGTCCTCTGCTCAGTAACGGCTTATTGGTCGGGATTTTACTGGCTGTTCTTATGGATAACCTTATTCCGTGGGAACGCATCGAATAATTTGTTGAAAAAGGATTGATAATGAAGATTGTCATTGCGCCAGACTCTTTTAAAGAGAGCTTAAGTGCAGAAAAATGTTGTCAGGCAATTAAAGCCGGG‑TTTAGCACCCTCTTTCCCGATGCGAACTATATCTGTTTGCCGATAGCGGATGGCGGCGAAGGGACGGTGGATGCGATGGTCGCCGCGACGGGCGGCAACATCGTGACGCTTGAAGTCTGCGGGCCGATGGGCGAAAAAGTGAATGCTTTTTATGGCCTTACCGGCGACGGGAAAACGGCGGTGATTGAGATGGCGGCAGCAAGTGGCCTGATGCTGGTCGCGCCTGAAAAGCGTAATCCGTTGCTGGCCTCCAGTTTTGGTACGGGGGAGTTAATTCGTCATGCG > CP042583/442199‑442756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |