| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,600,338 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,600,338 | 0 | A | T | 99.6% | 555.5 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (108/128); total (109/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,600,339 | 0 | G | C | 99.6% | 554.5 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (109/128); minor base A (0/1); total (109/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,600,340 | 0 | C | G | 100.0% | 564.1 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (109/129); total (109/129) | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CCAGCGCCAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACG‑CTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCAGTGTGGTCACACCGCAAATTAGCGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATAGCCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTAGCTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGAGTGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGC > CP042583/1600060‑1600619 ||| cAGCGGAAGGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACCGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACG‑CTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCa < 2:625540/287‑1 (MQ=255) ggaaaGGGGATAAGCGGATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTAACG‑CTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt < 2:1794127/284‑1 (MQ=255) gTAAAGGCGTTAAGCGGATTCTGTAGCCTGCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTGGGCGGGCAGATTACGCTTCACG‑CTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCACTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt < 2:253010/286‑1 (MQ=255) gTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGAGCAGATTACGCTTCACG‑CTTTCGATGCCGGAAACCTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCACTGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt < 1:938041/286‑1 (MQ=255) 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aaGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACG‑CTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcctcc < 1:1034434/289‑1 (MQ=255) aaGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACG‑CTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGACATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcctcc > 1:434573/1‑289 (MQ=255) cGTATTGTGTGGGCCTCCGAAACGGGGGGCGGGGATGTTGGGAGGCAGATTACGCGTCAGG‑ATTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTGGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGTTGGATCTGATTACCGCACGCGATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAAGATGTCCAGAGCTTTGCTCGCGGTGGGACGCGCATCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTAGGCAGCAGGCTTTGAGCATCTTGATACTATCCGCCAg < 2:347714/288‑1 (MQ=255) 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tATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACG‑CTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCa > 1:544028/1‑289 (MQ=255) aTGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACG‑CTTTCGATGCCGGAAAACTGGAGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATATGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACACGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCaa > 1:1064177/1‑289 (MQ=255) ttCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACG‑CTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg < 1:1350860/253‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |