Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,605,404 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,605,404 | 0 | G | C | 100.0% | 590.3 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,605,405 | 0 | C | G | 100.0% | 593.5 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (138/115); total (138/115) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,605,406 | 0 | T | A | 99.2% | 592.4 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (137/113); minor base C (0/2); total (138/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GCATTGCAGTGGCACTGATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGGCTGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACGCTAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAGCCATA > CP042583/1605127‑1605689 ||| gCATTGCAGTGGCACTGATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCa < 1:256606/288‑1 (MQ=255) cTGATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTT‑CGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGtt > 2:1256260/1‑288 (MQ=255) aTCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCt > 1:1590073/1‑289 (MQ=255) aTCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCt > 1:72416/1‑289 (MQ=255) 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aGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGttt > 2:1372508/1‑289 (MQ=255) cAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACACTCAGTTGCTTTTGGTCCTTCTCATTTCGCTTCGCTGGTAATGTTTTAATCTTTTCGtttttt > 2:804015/1‑289 (MQ=255) gaATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGt < 2:1768085/289‑1 (MQ=255) 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gATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGtt < 2:1721713/288‑1 (MQ=255) tCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTg < 2:162926/288‑1 (MQ=255) cAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCg < 1:1728806/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |