Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,617,704 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,617,704 | 0 | A | T | 99.2% | 577.0 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,617,705 | 0 | G | C | 100.0% | 572.3 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (133/110); total (133/110) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,617,706 | 0 | T | A | 99.6% | 577.9 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (132/110); minor base C (1/0); total (133/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CGCAAAGTTGCCGAGGTCATTCTGGCTAGCCCCGATAACGCGATCCATAGCAGTATTGCTGCTATGGCACTGGAAGCCAATGTTAGCGAACCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAAAGTTACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATAGTCTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGC‑AAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTAGTGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTG > CP042583/1617425‑1617985 ||| tAACGCGATCCATTCGAGTATTGCTGCTATGGCACTGGAAGCCAATGTTAGCGAACCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGACACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGctcact < 1:573056/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |