Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/121); minor base T (1/0); total (138/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,623,452 | 0 | C | G | 99.6% | 605.3 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (137/121); total (138/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TCAGCAATGGCAGAAGCGATGAACCCAACGGGTTTAAGGCTAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCTGTGTTGCACCTCCCCAGAGAGCGGCGGATAATGCTGCGAAAAGAAGCGTTTTTTTATGTAACATAATGCGACCAATAATCGTAATGAATATGAGAAGTGTGATATTATAACATTTCATGACTACTGCAAGACTAAAATTAACATGACAAGTCTGGTTTCCCTGGAAAATGTCAGCGTTTCTTTTGGCCAACGCCGCGTCCTCTCTGATGTGAGCCTGGAACTTAAACCTGGAAAAATTTTGACTTTACTTGGGCCAAATGGCGCAGGTAAGAGCACACTGGTACGGGTAGTGCTCGGGCTGGTAACACCCGATGAAGGGGTTATCAAGCGCAACGGAAAACTGCGCATCGGCTATGTACCGCAGAAGCTGTATCTCGACACCACGTTGCCACTGACCGTAAACCGTTTTTTACGCTTACGCCCTGGTACACATAAAGAAGATATTTTGCCTGCACTGAAACGTGTCCAGGCCGGGCACCTGATTAACGC > CP042583/1623172‑1623727 ||| gCAGAAGCGATGAACCCAACGGGTTTAAGCGAAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCTGTGTTGCACCTCCCCAGAGAGCGGCGGATAATGCTGCGAAAAGAAGCGTTTTTTTATGTAACATAATGCGACCAATAATCGTAATGAATATGAGAAGTGTGATATTATAACATTTCATGACTACTGCAAGACTAAAATTAACATGACAAGTCTGGTTTCCCTGGAAAATGTCTCGGTTTCTTTTGGCCAACGCCGCGTCCTCTCTGATGTGTCGCTGGAACTTAAACCTgg > 1:659114/1‑289 (MQ=255) 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TCAGCAATGGCAGAAGCGATGAACCCAACGGGTTTAAGGCTAGCGACAACGGCGGCATCTGCGGCCTGTGTTGCACCTCCCCAGAGAGCGGCGGATAATGCTGCGAAAAGAAGCGTTTTTTTATGTAACATAATGCGACCAATAATCGTAATGAATATGAGAAGTGTGATATTATAACATTTCATGACTACTGCAAGACTAAAATTAACATGACAAGTCTGGTTTCCCTGGAAAATGTCAGCGTTTCTTTTGGCCAACGCCGCGTCCTCTCTGATGTGAGCCTGGAACTTAAACCTGGAAAAATTTTGACTTTACTTGGGCCAAATGGCGCAGGTAAGAGCACACTGGTACGGGTAGTGCTCGGGCTGGTAACACCCGATGAAGGGGTTATCAAGCGCAACGGAAAACTGCGCATCGGCTATGTACCGCAGAAGCTGTATCTCGACACCACGTTGCCACTGACCGTAAACCGTTTTTTACGCTTACGCCCTGGTACACATAAAGAAGATATTTTGCCTGCACTGAAACGTGTCCAGGCCGGGCACCTGATTAACGC > CP042583/1623172‑1623727 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |