| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,631,799 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,631,799 | 0 | A | T | 100.0% | 559.8 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (108/130); total (108/130) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,631,800 | 0 | G | C | 99.2% | 552.0 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (108/128); minor base A (0/2); total (108/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,631,801 | 0 | T | A | 99.6% | 553.7 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (108/128); minor base G (0/1); total (108/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCAGTCCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGT > CP042583/1631521‑1632080 ||| ccGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGGCGATGCGCCCTCACCGGCTaa > 1:1421991/1‑289 (MQ=255) ttAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATtgg < 1:1412440/289‑1 (MQ=255) gAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTTCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCAGTAAAACAGCCGGTCGATGCGCGCTCACCGGCTAAAGTGTTGACCGAAAATTGGTGGCAACAt > 2:958926/1‑289 (MQ=255) gAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCGAAAGTGCTGACCGAAAATTGTGGGGAACAt > 2:1119377/1‑289 (MQ=255) catgATTTGGTTTTTTCAGGGTTTATTATGCTTTAACTTAATGCTAAACCCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCAATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCct < 2:1470695/285‑1 (MQ=255) cACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATc < 2:1833313/286‑1 (MQ=255) aCGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCctg < 2:411258/288‑1 (MQ=255) aCGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCctg < 1:1950079/288‑1 (MQ=255) aCGATTTTGGTTTTTCAGTATTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCGCCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCctg < 2:1279357/288‑1 (MQ=255) cGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCctgct < 1:1119377/289‑1 (MQ=255) cGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCctgct < 1:667710/289‑1 (MQ=255) gATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGTTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGCAGCACGAAAACAGCCGTTCGATGCGGCGTCACCGGCGAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGGAACATCctcat > 2:1533013/1‑285 (MQ=255) ttttGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCa > 2:761516/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |