| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,643,113 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (115/101); total (115/101) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,643,115 | 0 | T | A | 99.5% | 513.0 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (114/101); minor base C (1/0); total (115/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
AATAGTGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAAAGTTGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATATAGAACAAGTGCCACGCACAGGTGTAAAAAAACCTGATACCGAACAACTTAACTTGCTTAAAAAAAGTCAGCGAGCCTGGCTGGATTTTAGGGACAAAGAATGTGAATTAATCCTTAGTAATGAGGACGTTCAGGATTTAAGTGACCCTTATTCTGAAAGTGAATGGCTCAGTTGTATGATCATACAGACCAATACGCGAACTCGCCAGTTGCAGCTATACCGTAACTCTGAAGATTTTTATCCAAGCCCTTTGACAAGAGGATAATTCACATCTTTTTGGCATGTTTTGTTGCAAGCTATTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATA > CP042583/1642834‑1643393 ||| aagtcagatgatgatACTGACGTTAACGTGATCAAATCATGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATATAGAACAAGTGCCACGCACAGGTGTAAAAAAACCTGATACCGAACAACTTAACTTGCTTAAAAAATCACAGCGAGCCTGGCTGGATTTTAGGGACAAAGAATGTGAATTAATCCTTTCAAATGAGGACGTTCAGGATTTAAGTGACCCTTATTCTGAATCAGAATGGCTCTCATGTATGa < 1:1146868/283‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |