Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 500,537 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 500,537 | 0 | A | T | 98.8% | 553.1 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (121/117); minor base G (1/2); total (125/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 500,538 | 0 | G | C | 99.6% | 561.7 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (123/119); total (125/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 500,539 | 0 | C | G | 99.2% | 553.7 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (122/118); total (125/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CTACTACAGCGTGCGTCGTAGCGTCGAGATTTGTCAGTTCACACAACAGACACGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTAGCCCAGGAAGCCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCAGCCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTGGCTGTCAGTTGCAGCAGGTGTTTGGCATGGCGGAAGGGCTGGTGAACTACACCCGACTTGATGATAGCGCGGAGAAAATTATCCATACCCAGGGTTACCCAATGTGTCCGGATGACGAAGTATGGGTTGCCGATGCCGAAGGAAATCCACTGCCGCAAGGGGAAGTCGGACGCCTGATGACGCGCGGGCCGTACACCTTCCGCGGC > CP042583/500257‑500815 ||| cAGCGTGCGTCGTAGCGTCGAGATTTGTCAGTTCACACAACAGACACGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGtt > 1:1044457/1‑288 (MQ=255) gcgtgcgtCGTAGCGTCGAGATTTGTCAGTTCACACAACAGACACGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACa > 1:1532344/1‑289 (MQ=255) gcgtgcgtCGTAGCGTCGAGATTTGTCAGTTCACACAACAGACACGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCGTGCCCCGCCGAAACTGTTaac > 2:616802/1‑287 (MQ=255) cgtgcgtCGTAGCGTCGAGATTTGTCAGTTCACACAACAGACACGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAg > 1:1245924/1‑289 (MQ=255) cgtgcgtCGTAGCGTCGAGATTTGTCAGTTCACACAACAGACACGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAg > 1:1714077/1‑289 (MQ=255) tgcgtCGTAGCGTCGAGATTTGTCAGTTCACACAACAGACACGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGCAGGCGCAAGCCGGG‑CCCAGCCTGCCTCGCTGAAACTGTTACAggg > 2:819035/1‑288 (MQ=255) tgcgtCGTAGCGTCGAGATTTGTCAGTTCACACAACAGACACGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCCGAAGC‑TGCCGCCAGGCAACTGTTACAggg > 2:1056158/1‑288 (MQ=255) 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acacGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTa > 1:895580/1‑289 (MQ=255) cacGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTAt > 1:1174740/1‑289 (MQ=255) acGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTAtt < 1:1864198/289‑1 (MQ=255) 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cTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTGGCTGTCAGTTGCAGCAGGTGTTTGGCATGGCGGAAGGGCTGGTGAACTACACCCGACTTGATGATAGCGCGGAGAAAATTATCCATACCCAGGGTTACCCAATGTGTCCGGATGACGAAGTATGGGTTGCCGATGCCGAAGGAAATCCACTGCCGCAAGGGGAAGTCGGACGCCTGATGAcgc > 1:1223804/1‑289 (MQ=255) gATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTGGCTGTCAGTTGCAGCAGGTGTTTGGCATGGCGGAAGGGCTGGTGAACTACACCCGACTTGATGATAGCGCGGAGAAAATTATCCATACCCAGGGTTACCCAATGTGTCCGGATGACGAAGTATGGGTTGCCGATGCCGAAGGAAATCCACTGCCGCAAGGGGAAGTCGGACGCCTGATGAcgcgc < 1:1056158/289‑1 (MQ=255) gtCGAAGGCGAAGGCCGGT‑GGCCGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGGGATTGGCTGTCAGTTGCAGCAGGTGTTTGGCATGGCGGAAGGGCTGGTGAACTACACCCGACTTGATGATAGCGCGGAGAAAATTATCCATACCCAGGGTTACCCAATGTGTCCGGATGACGAAGTATGGGTTGCCGATGCCGAAGGAAATCCACTGCCGCAAGGGGAAGTCGGACGCCTGATGAcgcgc < 2:950408/287‑1 (MQ=255) gtCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTGGCTGTCAGTTGCAGCAGGTGTTTGGCATGGCGGAAGGGCTGGTGAACTACACCCGACTTGATGATAGCGCGGAGAAAATTATCCATACCCAGGGTTACCCAATGTGTCCGGATGACGAAGTATGGGTTGCCGATGCCGAAGGAAATCCACTGCCGCAAGGGGAAGTCGGACGCCTGATGAcgcgc < 2:1108139/287‑1 (MQ=255) aaaGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTGGCTGTCAGTTgcagca < 2:445050/109‑1 (MQ=255) aaaGCCGGG‑CGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTGGCTGTCAGTTGCAGCAGGTGTTTGGCATGGCGGAAGGGCTGGTGAACTACACCCGACTTGATGATAGCGCGGAGAAAATTATCCATACCCAGGGTTACCCAATGTGTCCGGATGACGAAGTATGGGTTGCCGATGCCGAAGGAAATCCACTGCCGCAAGGGGAAGTCGGACGCCTGATGACGCGCGGGCCGTaca > 1:1164125/1‑288 (MQ=255) ||| CTACTACAGCGTGCGTCGTAGCGTCGAGATTTGTCAGTTCACACAACAGACACGCTACCTGTGCGCGATCCCGGCGGCTCATAACTACGCCATGAGTAGCCCAGGAAGCCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGG‑CGCAGCTTGCCAGCCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTGGCTGTCAGTTGCAGCAGGTGTTTGGCATGGCGGAAGGGCTGGTGAACTACACCCGACTTGATGATAGCGCGGAGAAAATTATCCATACCCAGGGTTACCCAATGTGTCCGGATGACGAAGTATGGGTTGCCGATGCCGAAGGAAATCCACTGCCGCAAGGGGAAGTCGGACGCCTGATGACGCGCGGGCCGTACACCTTCCGCGGC > CP042583/500257‑500815 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |