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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,650,111 | 0 | T | A | 99.2% | 599.6 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/146); minor base C (2/0); total (106/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
CACGGCAATGACTTTCATATCGTAGCCACGCGCTTTCGCGACGATGGCAGAGCCGAGTTTGGGGTCCGGAGTACAAATAACGAAACCTTTTGCGCCACTGGCAGCCAGGCTGTCGATCGCGTTCAATGTTTTTTCGCCATCCGGCACGGCAATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCGGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGACTCATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCA > CP042583/1649830‑1650390 ||| cACGGCAATGACTTTCATATCGTAGCCACGCGCTTTCGCGACGATGGCAGAGCCGAGTTTGGGGTCCGGAGTACAAATAACGAAACCTTTTGCGCCACTGGCAGCCAGGCTGTCGATCGCGTTCAATGTTTTTTCGCCATCCGGCACGGCAATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCGGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACg > 2:1753194/1‑289 (MQ=255) 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ccATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGa < 1:100240/281‑1 (MQ=255) cATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAAtt > 1:26695/1‑289 (MQ=255) cATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAAt < 2:390967/288‑1 (MQ=255) ||| CACGGCAATGACTTTCATATCGTAGCCACGCGCTTTCGCGACGATGGCAGAGCCGAGTTTGGGGTCCGGAGTACAAATAACGAAACCTTTTGCGCCACTGGCAGCCAGGCTGTCGATCGCGTTCAATGTTTTTTCGCCATCCGGCACGGCAATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCGGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGACTCATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCA > CP042583/1649830‑1650390 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |