Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,652,538 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,652,538 | 0 | A | T | 100.0% | 343.8 / NA | 145 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,652,539 | 0 | G | C | 99.3% | 340.5 / NA | 145 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,652,540 | 0 | T | A | 99.3% | 341.8 / NA | 145 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (66/78); minor base C (1/0); total (67/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CTTCTGATTCTGACTCTTAGTTTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGAGTTATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGATGAACCTGGAACTGTACTCTAGTC > CP042583/1652262‑1652813 ||| cgtctgattctgaCTCTTTCATTAATAACGTGGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGcc < 2:156497/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |