| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,654,570 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,654,570 | 0 | A | T | 99.6% | 573.6 / ‑5.6 | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (126/114); minor base . (1/0); total (127/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,654,571 | 0 | G | C | 99.6% | 565.1 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (125/114); total (127/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,654,572 | 0 | T | A | 99.2% | 562.6 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (125/113); total (127/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATAGTACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGAGTTTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTAGTAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCC‑GGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTAGCCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTG > CP042583/1654294‑1654851 ||| tttGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGCTTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCCCGgcg > 1:1843449/1‑289 (MQ=255) tGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGgcgt‑t > 1:569384/1‑289 (MQ=255) aCGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGGAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAgg < 1:632698/289‑1 (MQ=255) cGGTCGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGGTGGCATCGTTCGTTAGCTACGATGGGTGTTTATTATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGTTAGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGTCGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAATCGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGc < 2:22157/289‑1 (MQ=255) tAGCGTTCCGGGTATCGTCAGCTATATGGATGGCAACAACCGTACGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCACCCTGATGGCATATATTTTATGGAAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATCGATTCAACAACCTTTATGGGATTGATGGCTAATCATGCTGGACATAACGGGGTGTTACAGGCGTTACGCGAACTGGTGGCCTCTACGGATGGTGATCTGGCAGTGCATTTATTCGCTCAGTTAGCCCTCGCCACG‑GTATTTTGTGGGTGTGCGTTAGGCTTa > 2:219874/1‑289 (MQ=255) aGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTa > 1:1147093/1‑287 (MQ=255) ttGTCAGCTATATGGATAGCAACATTCTTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTAAACGACCGTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAGCGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGc < 2:1805598/289‑1 (MQ=255) tataTGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCCCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGCTTATCTTGCTGctttat > 2:140655/1‑289 (MQ=255) ggatggCAACATTCGTAAGGTAGGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAg < 2:1460186/289‑1 (MQ=255) ggatggCAACATTCGTAAGCTTCGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAg < 1:225283/289‑1 (MQ=255) ggatggCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAg < 2:1995885/289‑1 (MQ=255) atggCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCg > 1:1218399/1‑289 (MQ=255) atggCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCg > 1:308943/1‑289 (MQ=255) atggCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCg > 2:924150/1‑289 (MQ=255) ggCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAACTGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TTCGTTCGGCTTATTGTATTAGCTGGCTGATTGATTTCTGcct > 2:66246/1‑286 (MQ=255) ggCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCgt > 2:617732/1‑288 (MQ=255) 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cGCCACGTCATTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCC‑GGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCtggtggtg > 1:1549897/1‑289 (MQ=255) ||| TTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGT‑AGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATAGTACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGAGTTTTCTCGGCGT‑TGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTAGTAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCC‑GGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTAGCCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTG > CP042583/1654294‑1654851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |