| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,661,861 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,661,861 | 0 | A | T | 99.6% | 579.4 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/122); minor base A (1/0); total (124/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,661,863 | 0 | C | G | 99.6% | 580.3 / ‑4.5 | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (123/122); minor base A (1/0); total (124/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAAAGCATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCAGCTTTTTAAATATGCCGACGTTAAGTTTGAGCCGAACCGAAAGCAGTATGTTGCGAATGTGGATGGCAGGTCAGGGAACCATTCAAATCTCTGACCAAATGAATATCAAAGCCAAGACCGTTAGTAGC‑CATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCT > CP042583/1661583‑1662141 ||| tgtTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATGTATTGATCAGTTCTCAATCGATTAAACCGGAACCTCTCGACGATATCATTGGCGCTATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTATTAAATATGACGACCTTATCTTTGAGCCGAACCGAATCGAGGATGTTggt > 2:1350763/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |