Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 501,993 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 501,993 | 0 | A | T | 98.0% | 465.4 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (95/102); minor base C (4/0); total (101/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.70e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 501,994 | 0 | G | C | 99.0% | 466.2 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (99/103); minor base T (2/0); total (101/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 501,995 | 0 | C | G | 99.5% | 476.5 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (100/103); total (101/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
GCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGAGCCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATAGCGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCGAAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATG > CP042583/501717‑502274 ||| gCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACGGAAGAATGACTGACAGCCCCTAACCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGCGGAACCGTTCGATGACTGCACCCTGATGGACTACGGTCGGGATCCGGTgcgctgga > 2:1798253/1‑285 (MQ=255) cacaTTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTTTCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGACGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCGGGATTCCGTGCGCAtggtgg > 2:211411/1‑289 (MQ=255) cacaTTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGCTGATGACTGAACAATTACTGCCAGGCCCTATCCCCGCCAACAAAGCGGCGCTGCGGGAGGTGAACCTGCCGTTGCTGGGCGAGTCCGATGTACCGTTCGATGACGACAACCTGAGCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCattacg > 2:433039/1‑284 (MQ=255) acaTTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGgc > 1:1241028/1‑289 (MQ=255) caTTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGGGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGCCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGCCTGGATTCGGTGCGCattgatgc > 2:111729/1‑282 (MQ=255) caTTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTGCAAGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTTGATCCGGTGCTCATGATGgc > 2:797912/1‑288 (MQ=255) caTTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGgc > 2:654631/1‑288 (MQ=255) gCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTggc > 2:948036/1‑289 (MQ=255) tGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCCAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGCCGAGTCCGATGAACCGTTCGCTGACGACCACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTggcgg > 2:1763652/1‑289 (MQ=255) tGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGCCTACGGTCTGGATCTGGTGCGCATGATgggcctcgcg > 2:1707039/1‑280 (MQ=255) 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gCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTTTGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATg < 1:1377595/289‑1 (MQ=255) gCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGgcggcg > 1:777501/1‑270 (MQ=255) gcgATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGa < 1:1949789/289‑1 (MQ=255) cggtatTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCCGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGCCGTTCTGGCCGGGGGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGa < 1:1798253/285‑1 (MQ=255) gATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACt > 1:1615672/1‑289 (MQ=255) gATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACt > 1:798505/1‑289 (MQ=255) tatTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACttt > 1:1924072/1‑289 (MQ=255) tttATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTg > 1:1154674/1‑288 (MQ=255) tttATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAAT‑ATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTg > 1:42020/1‑288 (MQ=255) 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