| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,667,069 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,667,069 | 0 | A | T | 99.5% | 503.3 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (105/109); minor base C (1/0); total (106/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,667,070 | 0 | G | C | 99.1% | 494.7 / ‑6.6 | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (105/108); minor base T (1/1); total (106/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,667,071 | 0 | T | A | 100.0% | 506.4 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (106/109); total (106/109) | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TCATCGAGCAACGTCAGTAAACTACTCCCGGCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCAGTACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGT‑TATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGC > CP042583/1666793‑1667350 ||| atcGAGCAACGTCAGTAAACTACTCCCGGCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGGGTTGTATATCCTTTGGGGCTCAACCTATTTTg > 1:431293/1‑287 (MQ=255) 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aaGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTAtt > 1:1852376/1‑288 (MQ=255) aaGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTAtt > 1:662795/1‑288 (MQ=255) aaGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTAtt > 1:340915/1‑288 (MQ=255) 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ttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGT‑TATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACCTCAAAATGTTCCTTCTGGCATCGCCGCCGTCGTGGTTGCAACCTTGCCCCTCTTTACCCTGTGCtctcgcct > 2:1748781/1‑281 (MQ=255) ttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGT‑TATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAgccgc < 1:250123/289‑1 (MQ=255) ||| TCATCGAGCAACGTCAGTAAACTACTCCCGGCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCAGTACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGT‑TATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGC > CP042583/1666793‑1667350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |