Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,667,501 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,667,501 | 0 | A | T | 100.0% | 569.1 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (104/137); total (104/137) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,667,502 | 0 | G | C | 99.6% | 565.1 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (103/137); total (104/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,667,503 | 0 | T | A | 98.8% | 561.8 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (101/137); minor base C (3/0); total (104/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
CGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGA > CP042583/1667220‑1667782 ||| gttGGCCTGTTATTGTTGGCTGTGGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGct < 2:1708198/288‑2 (MQ=255) ttGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGct < 1:708121/288‑2 (MQ=255) cggTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCAGGGTGCCGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTCAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGctcgcgc < 2:296842/286‑7 (MQ=255) cTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGctcgcgc < 1:491658/288‑7 (MQ=255) tATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCATACCGGGGGGCCCGATCCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCCGTTTATGGcctgtattttat > 2:1971881/1‑278 (MQ=255) tATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttac < 1:1927562/289‑1 (MQ=255) tATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCAGGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttac < 2:1159265/289‑1 (MQ=255) tGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttacctt < 1:1566377/289‑1 (MQ=255) tGCTGGCTGTCGGTAAGGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttacctt < 1:1866255/289‑1 (MQ=255) tggctgTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttaccttac < 1:817228/288‑1 (MQ=255) 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cATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGGTGGCGGGGGCGGTTGGGATggcgg > 2:1816960/1‑285 (MQ=255) cAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTggcgg < 2:871372/289‑1 (MQ=255) tGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGc < 1:1445654/289‑1 (MQ=255) 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tccttccGGCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttac > 1:359258/1‑237 (MQ=255) ggCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCg < 2:921452/280‑1 (MQ=255) ggCATCGCCGCCGTAG‑TGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCg > 1:921452/1‑280 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |