Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,669,667 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,669,667 | 0 | G | C | 99.6% | 598.0 / ‑4.2 | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,669,668 | 0 | C | G | 99.2% | 587.0 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (117/134); total (119/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,669,669 | 0 | T | A | 99.2% | 592.9 / ‑5.7 | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (117/134); minor base G (2/0); total (119/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
CCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCGCTGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTAACTATCGGTTACACTTATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGAACTAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGA > CP042583/1669389‑1669947 ||| ccTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCCCACTTAA‑ACGGTGCCATTCCCGGTCA‑GTc > 2:494003/1‑288 (MQ=255) cttcttTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCg > 1:172772/1‑288 (MQ=255) cttTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCa > 1:446843/1‑288 (MQ=255) tGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑CCGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCCGCCCAc > 2:266002/1‑289 (MQ=255) 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ggTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCCCTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCTACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGAACGATAAAGCGAAACGCATCATGCGGATGATCGGCCGGTCGATTGGGATATAACGTTTGCAGATTGGCGTACTCTTCCTCGCTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAACGCCCGGTTTaaa > 2:1690172/1‑289 (MQ=255) aTGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAAtt > 2:397504/1‑288 (MQ=255) tGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCACACGTTTTAAAATTg > 2:207836/1‑288 (MQ=255) tGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGATTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAAtt > 1:483167/1‑287 (MQ=255) cccgGATATCTTCATTAAAAGGATGCTTCGCCGGATTGCAATAATGGTTGGCTTTAGAAGTGCGTACCGAATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCcg < 2:1112396/286‑1 (MQ=255) gcgGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCcgcg < 1:487332/289‑1 (MQ=255) 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aTTAAAATGAGGGGGCGCCGGATCGAAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATtc < 2:22285/289‑1 (MQ=255) tggtgCGTCGCCGGCTCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAACCACGCACTGTCCGCCAAGCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTAGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTa < 1:1917307/286‑1 (MQ=255) tgatgCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTa < 2:1009765/289‑1 (MQ=255) tgatgCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTa < 1:1645124/289‑1 (MQ=255) gtatgCGTCTCCGAATCACAATAATGGTGTGCTTTATAAGTGCTTACCGAATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAACCACGCACTGTCCGCCAAGCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAAGTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTa < 2:1272382/287‑1 (MQ=255) tgCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTaca > 2:863321/1‑288 (MQ=255) 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ttAA‑ACGGTGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTATGAATCGGTTACTGATATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGATGAAAACGCATCTATCACCtt < 1:1308401/289‑1 (MQ=255) tGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTATGAATCGGTTACTGATATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGATGAAAACGCATCTATCACCTTGTGATCg > 1:1345166/1‑288 (MQ=255) tGCCATGCCGAGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTATGAATCGGTTACTGATATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGATGAAAACGCATCTATCACCTTGTGATCg > 1:1133643/1‑288 (MQ=255) ||| CCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAA‑ACGGTGCCATGCGCTGTCA‑TTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTAACTATCGGTTACACTTATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGAACTAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGA > CP042583/1669389‑1669947 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |