Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,677,754 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,677,754 | 0 | A | T | 98.8% | 399.5 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (86/85); minor base G (0/2); total (87/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,677,755 | 0 | G | C | 99.4% | 397.8 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (86/87); total (87/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,677,756 | 0 | C | G | 99.4% | 400.9 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (85/87); total (87/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑AGCATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGAGTCAGGCTACCGAACGATTTATTGGTAGTGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCAAGCCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACAT > CP042583/1677468‑1678033 ||| gATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTAATCGGCGGTGGGCTGAAATCGCCTTATGTCGAAGGATTGCGGCTCGACGAAGCAAGGCATCCGACCCAACAGCTGACCGTAGTTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCACGTGCGACTGATGGTCGCGGGGAACACTGGCTGTAAAGGGAGTaaa‑acc > 2:1573605/1‑287 (MQ=255) ttCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGCTTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTGGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGGTTGTGCCGTGGAAATAGGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTcgg > 2:1672842/1‑287 (MQ=255) ttCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGACTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTACATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGAATGTGCCGCGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAg > 1:1608492/1‑289 (MQ=255) cGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTAt > 1:102968/1‑289 (MQ=255) tGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGa > 2:829985/1‑289 (MQ=255) tGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGATCGATTGTGCCGGGGGAATATGGCGTTAAAGGGCTTAAACAGAATA‑TCAGTATTAAGCTGAACCCGCGAGctct > 2:307823/1‑285 (MQ=255) taacAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTTGAAACAATTTCTGCAACGGAACAGGTGCCAGGCACGCAGGACCGCTTTTTCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATTCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAaccacc < 2:1809628/286‑1 (MQ=255) 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gTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTg > 1:932789/1‑289 (MQ=255) cGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGa < 2:294952/288‑1 (MQ=255) cTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCTCCAACCACCTGGGAACCTGCACCGCCttcaca > 2:1724858/1‑284 (MQ=255) 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aTGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGt > 2:305873/1‑289 (MQ=255) tGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTa < 1:279579/289‑1 (MQ=255) ggccaggccagCAGGACCGCGTTATGGGCGGTGGGCTGAAATATACTTATGTCGAAGGATTGCGTGTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATcc < 1:817800/285‑1 (MQ=255) 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gccaggccagCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTAt > 1:829914/1‑289 (MQ=255) cgccggagGCCCGCTTTTGCGGGGGTGGGCTGAAATATCTTGTTGGCGAAGGATGGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCGCACACTGGTGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTg < 2:963764/282‑1 (MQ=255) cagGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAA‑TCGATAGTCAGTATTAAGCTG‑ACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCAc > 1:33317/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |