| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 503,581 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 503,581 | 0 | A | T | 98.4% | 573.9 / ‑4.5 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); major base T (142/103); minor base C (3/1); total (145/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 503,582 | 0 | G | C | 99.2% | 582.0 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (143/105); minor base A (2/0); total (145/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 503,583 | 0 | C | G | 99.2% | 582.1 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (144/104); minor base T (1/1); total (145/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
ATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAAAGTGGGAAATACCTCGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGAGCGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCAT > CP042583/503301‑503861 ||| gATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGGAAATACCTCGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTAt < 1:1165266/289‑1 (MQ=255) 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tgGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGt > 2:455244/1‑160 (MQ=255) ggATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGa < 1:1353873/289‑1 (MQ=255) tggtggCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCAt > 1:442658/1‑289 (MQ=255) ||| ATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAAAGTGGGAAATACCTCGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGAGCGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCAT > CP042583/503301‑503861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |