| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 1,681,243 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (115/115); minor base T (1/0); total (116/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,681,245 | 0 | C | G | 100.0% | 542.1 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (116/115); total (116/115) | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
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GGGAGATAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAAAGTGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTAAGCATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAG > CP042583/1680969‑1681524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |